Em 1986, logo após Crise nas Infinitas Terras, a DC Comics convoca o roteirista John Byrne para reformular mais uma vez o herói. Byrne escreve uma mini-série em 6 partes chamada "The Man of Steel" onde reconta a origem do Superman para os novos tempos e apaga toda a cronologia anterior do personagem. Na mini-série, Byrne nos apresenta uma nova versão de Krypton, elimina Superboy do passado do herói, muda a abordagem de Clark Kent e mostra um Superman bem menos poderoso do que os leitores estavam acostumados a ver. Em histórias posteriores publicadas em especiais e minisséries como "World of Krypton", ele revelava mais sobre o passado de Krypton e dos personagens que faziam parte das histórias do novo Homem de Aço. Krypton agora era um planeta avançadíssimo tecnologicamente que havia se voltado para técnicas de clonagem e de purificação genética. Há 200.000 anos, uma guerra pelos direitos dos clones devastou o planeta e os kryptonianos se voltaram para a ciência, abandonando seus sentimentos e crenças e se tornando uma raça cada vez mais fria. Os kryptonianos se isolaram uns dos outros em suas torres, abolindo o contato físico e seus laços afetivos. A população se mantinha estável graças a vestes especiais que usavam desde o nascimento e que prolongavam seus tempos de vida, e um banco de clones era mantido para substituir orgãos do corpo que necessitassem ser trocados. A reprodução era mantida em laboratório e uma criança nascia apenas quando um kryptoniano morresse. Nesse cenário, o cientista Jor-El é convocado para gerar um novo kryptoniano junto com sua prometida, Lara, para substituir uma das vítimas da estranha doença que acometia os kryptonianos na época. Foi gerado nas câmaras de gestação do planeta, Kal-El. Jor-El, fascinado por história kryptoniana, descobre que durante a guerra dos clones uma bomba explodiu no núcleo do planeta, gerando um elemento radioativo responsável pela estranha doença que mataria milhares de kryptonianos durante os séculos seguintes. O elemento gerou uma pressão no núcleo que em breve destruíria o planeta. Jor-El então convoca seus servos-robôs e ordena que a câmara matricial de Kal-El seja acoplada num foguete com o intuito de enviá-lo a Terra. Jor-El conta seu plano a Lara e admite seu amor por ela. O planeta explode e o embrião de Kal-El é enviado em direção a Terra. Em nosso planeta ele é encontrado por Jonathan e Martha Kent, que o criam como se fosse seu filho natural. Clark cresce e desenvolve seus poderes lentamente, utilizando-os para levar vantagem nos esportes. Ele se torna o maior jogador de futebol da escola, o que leva Jonathan a contar a verdade sobre sua origem. O jovem Clark decide viajar pelo mundo e usar seus poderes para o bem. Ele passa a agir em segredo, se estabelece em Metrópolis, onde cursa jornalismo, até se revelar para o mundo ao salvar um ônibus espacial que caía em direção ao público que assistia ao vôo. No incidente, ele conhece a repórter Lois Lane e descobre que nunca mais poderia ter uma vida normal ao ver uma multidão em sua direção querendo saber mais sobre ele. Clark volta para Smallville onde, com a ajuda de Jonathan e Martha, cria a identidade de Superman. Em Metrópolis, como Clark Kent, ele forja a primeira entrevista com o novo super-herói da cidade e consegue seu emprego no Planeta Diário, despertando a fúria de Lois Lane que acredita ter sido passada para trás na matéria por um novato. Byrne altera totalmente a abordagem de Clark, não mais um repórter tímido e atrapalhado. Clark agora era o personagem real, dinâmico, confiante, não muito diferente de seu alter-ego super-herói. Byrne, aproveitando uma idéia dada por Marv Wolfman, também alterou Lex Luthor, transformando-o num empresário corrupto e poderoso cuja posição como número um de Metrópolis foi abalada pela chegada do Superman. Ele então jura destruir o herói para recuperar seu posto de homem mais poderoso da cidade. No final da série, Superman descobre sua origem através de um holograma de Jor-El enviado na nave. Essa idéia foi inspirada em Superman: O Filme, de 1978, e utilizada em outras versões posteriores da origem do personagem (Lois & Clark de 1993, Superman Animated de 1996 e Smallville de 2001, por exemplo). Byrne, ao mudar a origem do Superman, estabeleceu que ele seria o único sobrevivente de Krypton e praticamente cortou qualquer laço afetivo que ele poderia ter com seu planeta natal. Com isso, a Fortaleza da Solidão, Krypto, Kara Zor-El, a Zona Fantasma, Kandor e muitos outros elementos da mitologia do herói foram apagados. Uma nova Supergirl surgia como um ser de protomatéria vindo de outra dimensão, novas versões de vilões como Brainiac (agora um artista de circo paranormal dominado por uma mente alienígena) e Metallo, além de versões de histórias clássicas como o romance com Lori Lemaris foram apresentadas na época. Essa fase foi marcada pelo estilo sombrio das HQs da época que também afetou o Homem de Aço. Porém, logo após a saída de Byrne, novos roteiristas assumiram o personagem, sendo os mais importantes Dan Jurgens e Jerry Ordway. Ambos seguiram a linha iniciada por Byrne e Wolfman, mas também resgataram vários conceitos importantes do herói que haviam sido descartados. Surgia assim uma nova versão da Fortaleza da Solidão, uma nova Zona Fantasma, releituras das histórias clássicas de Jimmy Olsen por Jack Kirby, mas tudo contextualizado na nova cronologia estabelecida no pós-crise. Era criado também o Erradicador, um artefato de Krypton que tentou dominar a mente do Superman e torná-lo um kryptoniano puro. Em 1991, Clark Kent e Lois Lane se tornam noivos, e o herói revela sua identidade secreta a ela. Curioso notar que nessa época não existiam mais as regras que impediam que Clark e Lois se casassem ou que o triângulo amoroso entre Clark, Lois e o Superman fosse alterado de alguma forma. A evolução que o personagem teve na Terra 2 agora era compartilhada por sua versão pós-crise. Em 1992, para dar a resposta à Marvel e à recém-inaugurada Image Comics, que batiam recordes de vendas com sua nova geração de desenhistas, a DC decide reformular boa parte do seu universo com sagas que tinham como objetivo colocar o UDC na mídia novamente. Assim, decidem matar o Superman na história que é considerada como a mais famosa de todos os tempos. O evento atingiu repercussões nunca antes vistas em todos os meios de comunicação e foi um tremendo sucesso. Superman morre nas mãos do monstro Apocalypse após uma devastadora batalha nas ruas de Metrópolis. O impacto de sua morte é sentido em todo o universo DC nos meses seguintes, e na série Reign of Supermen (no Brasil, O Retorno do Super-Homem) novos personagens surgem como o novo Superboy, Aço, uma versão remodelada do Erradicador e o novo vilão Superciborgue. Superman retorna da morte de cabelos compridos e as mentes criativas por trás do enorme sucesso da saga se manteriam durante toda a década de 90. Mas após o sucesso da Morte, o herói entraria numa fase de enorme crise criativa. Nessa época, os roteiristas tentaram sem sucesso recuperar o personagem com sagas e eventos bombásticos, sendo o mais importante com certeza o casamento com Lois Lane em 1996 (assim como acontecia na mesma época no seriado Lois & Clark), além de uma tentativa fracassada de alterar o visual e os poderes do herói, tornando-o um ser de energia na fase que ficou conhecida como a "Fase Elétrica". Paralelamente a isso, roteiristas como Mark Waid na série Kingdon Come e Grant Morrison na revista mensal JLA mostravam uma versão do Superman mais próxima a apresentada por Elliot S! Maggin nos anos 70 e 80 e bem diferente ao Superman que aparecia nas revistas mensais e seguia a cronologia Byrne. A versão dos dois roteiristas era aclamada pelos leitores e pela crítica, mas isso não convenceu a DC a permitir que ambos pudessem por em prática o projeto de uma nova reformulação do Superman que eles elaboraram ao lado dos roteiristas Tom Peyer e Mark Millar. Mas apesar da DC ter recusado a proposta, os planos de uma nova reformulação não foram descartados, e em 1999, uma nova equipe criativa assumiria liderada pelo roteirista que se tornaria um dos mais importantes para o herói na era atual, Jeph Loeb. Loeb, que já havia trabalhado com o personagem em 98 na mini-série For All Seasons (As Quatro Estações, no Brasil) começaria com histórias simples que restabeleceriam o herói como o maior ícone do UDC em seu primeiro ano, mas logo depois iniciaria uma saga polêmica para mostrar que realmente queria deixar sua marca.
