A chegada da Era de Prata marcou uma revolução nos quadrinhos de Super-Heróis. Personagens clássicos da Era de Ouro ressurgiram remodelados como Flash, Lanterna Verde e Gavião Negro, enquanto outros mudavam radicalmente sua abordagem, como Batman. Era chegada a hora de uma reformulação radical no Superman, e ela foi feita. Jerry Siegel retornava à sua criação em 1959, e ao lado de Weinsinger, Otto Binder e Edmond Hamilton, iniciaram a época que marcaria o herói como a versão mais famosa de todas. Superboy passou a ter um peso importante na origem do Superman nesse período. Suas histórias passaram a mostrar eventos que precederiam histórias clássicas do Superman adulto. Uma única origem foi estabelecida e muito do que se conhecia do herói foi desconsiderado. Assim, Kal-El era um garoto de três anos de idade em Krypton e se lembrava de tudo que ocorreu em seu planeta antes da destruição. Após chegar a Terra foi criado por Jonathan e Martha Kent assumindo sua identidade de super-herói aos oito anos de idade. Como Superboy, se tornou herói de Smallville, passou a fazer parte da Legião dos Super-Heróis no século XXX e contracenava com Pete Ross, seu melhor amigo, que conhecia sua identidade secreta (apesar de nunca ter revelado isso), Lana Lang, sua paixão de infância (uma versão ruiva de Lois Lane), e do supercão Krypto, seu cachorro em Krypton que veio num foguete de testes antes dele. Seus poderes agora possuíam duas fontes: a gravidade menor da Terra, que lhe concedia poder de vôo, superforça e invulnerabilidade; e o Sol amarelo, responsável pela visão de calor, raios-X, superaudição, supersopro, supervelocidade, etc. Em 1961, Siegel altera também a origem de Luthor, mostrando que ele e Superboy foram amigos em Smallville (essa história revela pela primeira vez o nome do vilão: Lex). Luthor prometeu criar um soro para kryptonita, mas sofre um acidente em seu laboratório e é salvo por Superboy. Contudo, o Menino de Aço, ao usar seu supersopro para apagar o fogo no laboratório, acaba soprando todo o vapor tóxico dos produtos químicos para Lex, o que causou sua calvície e a perda de sua maior experiência de todos os tempos, um experimento envolvendo vida artificial com protomatéria. Lex enlouquece e jura matar Superboy. Nesse período, Superboy se encontraria com Bruce Wayne, Oliver Queen, Mr. Mxyzptlk e Lori Lemaris, entre outros. Histórias clássicas dos anos 40 e 50 eram reescritas na nova crontinuidade, fazendo com que as versões originais fossem descartadas. Após a morte dos Kents, Clark decide deixar Smallville e partir para Metrópolis. Ele também muda seu nome de Superboy para Super-Homem e arruma emprego no Planeta Diário, onde conhece Lois Lane, Jimmy Olsen e Perry White. Surgiram nesse período também Metallo, a Supergirl (Kara Zor-El, prima do Superman), Bizarro (que originalmente havia surgido nas histórias do Superboy, e posteriormente adaptado para ser vilão do Superman), a Zona Fantasma, além da nova abordagem de Brainiac, que agora passava a ser um andróide. Uma versão completa da nova origem do Superman foi publicada em Superman #146 de 1961 como a origem oficial do herói. Esse é talvez o período onde o personagem se tornou mais popular, mas as versões anteriores não foram esquecidas.
