O personagem possuía uma versão bastante simples de sua origem em sua primeira aparição. Action Comics# 01 contava o básico em apenas uma página: um planeta explode, um foguete contendo um bebê parte do planeta morto e cai na Terra, o bebê vai parar num orfanato onde descobriria posteriormente que possuía capacidades além de qualquer ser humano. O pequeno Clark Kent atinge a maturidade e se revela para o mundo assumindo a identidade de Superman. Kent se torna repórter e aparece ao lado de seu editor, George Taylor e da repórter Lois Lane. Em seus primeiros anos de vida o Homem de Aço apresentava personalidade e atitude bem diferentes das atuais. Ele era um vigilante misterioso, pouco se sabia sobre ele, era mais violento (chegando a matar em algumas histórias posteriores na época), e seus poderes eram bastante reduzidos, sendo capaz de saltar grandes distâncias e dotado de superforça e invulnerabilidade. Clark Kent possuía todas as características opostas ao seu alter-ego super-herói. Era tímido, covarde e sentia um amor nunca correspondido por sua colega de trabalho, Lois Lane, que por sinal, ficou fascinada pelo Superman desde a primeira vez que o viu. Em 1939 estreava Superman#01 que trouxe em suas páginas uma nova introdução com maiores detalhes de sua origem que foram originalmente cortados da versão apresentada em Action Comics #01. Eram apresentados os pais adotivos do herói, que o encontraram e o levaram para o orfanato voltando dias depois para adotá-lo. Clark aprende ainda em sua infância que seus dons deveriam ser mantidos em segredo até a hora em que eles seriam úteis para ajudar a humanidade, o que ocorre logo após a morte de seus pais adotivos, quando ele então passa a adotar a identidade de Superman. Clark vai para Metrópolis e consegue um emprego no jornal The Daily Star (Estrela Diária). Ainda em 1939, em histórias posteriores, incluindo tiras de jornal, novas páginas cortadas foram publicadas. Siegel e Shuster apresentavam aos leitores o planeta Krypton e os verdadeiros pais do herói, um cientista chamado Jor-L e sua esposa, Lora. Era revelado também o nome kryptoniano do pequeno Superman, Kal-L. Krypton era descrito como um mundo avançado, povoado por seres que haviam atingido a perfeição física e mental, uma raça de super-homens. Jor-L, pesquisando os freqüentes tremores que ocorriam no planeta, descobre que uma instabilidade interna causaria a destruição de Krypton. Ele então avisa os membros do Conselho, que não acreditam em suas teorias condenando toda a população do planeta. Jor-L tenta construir uma nave para que ele e sua família escapem, mas o planeta começa a se destruir antes que ele consiga terminar, e apenas uma pequena nave é concluída. Eles então decidem enviar o pequeno Kal-L em segurança para a Terra. Em 1940, o nome do jornal onde Clark Kent trabalha muda para Daily Planet (Planeta Diário) e surge Perry White, seu editor. Seus primeiros inimigos na época foram o Ultra-Humanóide (que se consagraria como vilão da Sociedade da Justiça posteriormente) e Luthor, um cientista maligno que na verdade era uma versão melhorada do Ultra-Humanoide. Em sua primeira aparição, Luthor possuía cabelos ruivos, e somente passou a ser calvo em sua segunda aparição em 1941. O Superman passou a enfrentar os nazistas durante a Segunda Guerra Mundial e foi usado diversas vezes como propaganda pelo governo americano durante o conflito. Um fato curioso é que em 1941, Siegel e Shuster tinham planos de evoluir a história do Superman e seu relacionamento com Lois. Na história nunca publicada "The K Metal from Krypton", Superman aparece tendo total conhecimento de sua origem kryptoniana e revelando seu segredo para Lois. A história também mostra um protótipo do que seria a kryptonita, um elemento vindo de Krypton que significava a morte do Superman. A National na época vetou a história, considerando que as mudanças seriam muito drásticas e mudariam alguns pontos que eram fundamentais para o sucesso do personagem. Assim, a história foi engavetada e a primeira aparição oficial da kryptonita passou a ser em 1943, no seriado radiofônico e em 1949 nos quadrinhos. Além claro, do Superman jamais poder revelar seu segredo para Lois. O romance de George Lawther publicado em 1942 contribuiu para enriquecer ainda mais a origem do personagem. A história é mais conhecida por ter batizado os pais adotivos do herói como Eben e Sarah Kent (essa versão seria considerada no seriado televisivo estrelado por George Reeves nos anos 50). Nesse romance, os nomes dos pais do herói mudam para Jor-El e Lara, nomes que seriam posteriormente adotados nos quadrinhos também. Em 1945, surge o Superboy, uma versão adolescente do Superman. Em sua primeira aparição, é revelado que os kryptonianos não possuiam poderes em Krypton, e que a fonte de seus superpoderes se deve a gravidade menor da Terra. É também mencionado pela primeira vez que o Superman cresceu numa pequena cidade e que Clark Kent assumiu a identidade de super-herói ainda garoto, em Smallville, com a ajuda dos seus pais. É revelado também que desde garoto ele demonstrava poderes no nível de sua versão adulta, incluindo a capacidade de voar. O personagem foi um tremendo sucesso, mas suas histórias nunca eram mencionadas nos títulos mensais do Superman. Era como uma versão alternativa do herói, uma cronologia à parte da principal, que por sua vez, já vinha sofrendo mudanças nos títulos de linha. Em 1947, Jerry Siegel e Joe Shuster deixam o personagem, e o editor Mort Weinsinger se torna o principal nome por trás da lenda nesse período.
