ENREDONo início do filme, é revelado que Superman esteve desaparecido por cinco anos. Após astronômos terem descoberto o que supostamente seriam os restos de Krypton, ele partiu para o espaço. Após esse tempo, Superman retorna à Terra, e sua nave cai no milharal de sua mãe, assim como caira quando ele era bebê. Na manhã seguinte, ele acorda, e relembra sua infância. Ele então retorna ao Planeta Diário e à sua vida como Clark Kent em Metropólis - e logo no primeiro dia descobre que Lois Lane é agora mãe e obteve um Pulitzer pelo artigo "Porque o Mundo Não Precisa do Superman".
Durante a ausência de Superman, Lex Luthor foi solto - muito em parte devido a ausência de Superman, que não foi testemunhar durante o julgamento. Uma vez livre, Lex consegue com uma rica senhora se case com ele, e, quando ela falece, ele herda toda sua fortuna Lex então viaja à Fortaleza da Solidão, no Ártico, e rouba os cristais kryptonianos que lá se encontravam. De volta à Metropólis, um experimento com um pequeno fragmento do cristal demonstram a periculosidade do material, que cresce até tornar-se imensa, após entrar em contato com água. O cristal causa um blecaute, e interfere com o andamento do vôo de teste de um ônibus espacial ligado à um Boeing 777. Dentro do avião está Lois Lane, que estava lá cobrindo o acontecimento. Numa longa sequência, Superman consegue impedir o avião de se acidentar, e realiza um "pouso forçado" num campo de basebol.
Enquanto todo o mundo deleita-se com o retorno de Superman, Lois está mais preocupada com a origem do blecaute. Clark conhece Richard White - noivo de Lois e sobrinho do editor-chefe do Planeta Diário, Perry White - e o filho dele com Lois, Jason. Superman acaba escutando uma conversa entre Richard e Lois, em que ela diz nunca ter amado Superman de verdade, o que o deixa muito magoado. Absorto em seu trabalho, ele impede um assalto à banco e salva Kitty, sem saber que ela está aliada à Lex. Distraído por Kitty, ele não nota a invasão de Lex à um museu, e o subsequente roubo da Kryptonita lá guardada. Perry manda Lois entrevistar Superman, enquanto Clark vai investigar o blecaute. À noite, Lois vai ao terraço Planeta Diário para fumar um cigarro, e é surpreendida por Superman, que a leva para um vôo, durante o qual ele pede desculpas por tê-la abandonado.
Após entrevistar Superman, Lois e Perry discutem sobre a culpa que ela sentia por ter ganho um Pulitzer por um texto tão controverso. Enquanto isso, Kitty não admite ter sido usada por Lex como isca durante o assalto ao museu, aonde ele verdadeiramente quebrou os freios do carro que ela dirigia - após haver promovido que eles iriam apenas fingir que isso estava acontecend. Lois volta à se dedicar ao mistério do blecaute, querendo determinar a sua origem. Lois e Jason entram sorrateiramente no barco de Luthor, sem saber que à ele pertencia, e são capturados. Luthor então revela seu plano: usar os cristais Kryptonianos para criar uma nova e enorme massa de terra, ainda que no processo isso vá destroir continentes já existentes e matar bilhões de pessoas. Luthor então questiona Lois sobre que é verdadeiramente o pai de Jason, após notar o temor dela ao fato dele aproximar a Kryptonita de Jason. Luthor coloca os cristais dentro de um compartimento feito de kriptonita verde e os lança no mar, causando uma reação em cadeia que dá início ao crescimento de uma vasta porção de terra. Lois aproveita um momento de distração do capanga que estava vigiando ela e Jason para enviar um fax com suas coordenadas ao Planeta Diário, e é atacado logo em seguida por ele. Jason, numa aparente demonstração de super-força, arremessa o piano nele. Os outros capangas então aprisionam Jason e Lois na cozinha do navio. Luthor é notificado do incidente, e foge num helicoptero. O crescimento da massa de terra começa a causar estragos em Metropólis, e Superman sai ao resgate. Enquanto isso, Richard parte num aeroplano para resgatar Lois e Jason do navio, que acaba partindo ao meio e começa a afundar com os três presos dentro dele. Superman consegue resgatá-los, e então parte atrás de Luthor, que encontra-se na massa de terra criada pelos cristais.
Ao encontrar Luthor, Superman descobre que a massa de terra é composta também de kriptonita, o que o enfraquece a ponto de Luthor e seus capangas poderesm espancá-lo e torturá-lo. Luthor usa um fragmento de kryptonita para esfaquear Superman que, enfraquecido, cai no oceano. Lois faz com que Richard retorne para resgatar Superman, e ela remove o pedaço de kriptonita em suas costas. Superman recupera a consciência, aproxima-se mais do sol para reunir mais energia, e esforça-se ao máximo para erguer a massa de terra. Luthor e Kitty escapam no helicoptero, mas não antes de Kitty jogar fora os cristais kryptonianos obtidos por Lex. Pouco depois, ela e Lex encontram-se presos numa ilha deserta.
Superman arremessa a massa de terra no espaço, mas, enfraquecido devido à forte presença de Kryptonita, cai em Metropólis. Um equipe de resgate rapidamente o leva ao hospital, mas o médicos não conseguem penetrar em seu corpo nenhum equipamento médico, mas ao menos conseguem remover os últimos pedaços de Kryptonita ainda presentes no ferimento causado por Lex. Superman permanece em coma, e no hospital recebe a visita de Lois e Jason. Lois aproxima-se de Superman e, tomando cuidado para Jason não escutrar, sussurra um secreta no ouvido de Superman. Pouco depois, ele acorda, e desaparece do hospital. Superman então voa de encontro à Jason, que encontra-se dormindo, e recita à ele o mesmo discurso proferido por seu pai, Jor-El, quando ele foi enviado à Terra. Lois então começa à trabalhar num novo artigo, entitulado Porque o Mundo Precisa do Superman.
