A fase de Jeph Loeb ficou marcada pela criação de novos conceitos que aproximariam o universo do herói a fase pré-crise. O novo Bizarro, um novo Brainiac andróide, o retorno de Krypto, entre outros. A fase também ficou famosa por colocar Lex Luthor na presidência dos EUA e pela saga Mundos em Guerra, que afetaria todo o universo DC. Mas a história mais polêmica na época acabou sendo novamente sobre a origem do herói. Em 2001, Loeb e sua equipe contaram uma saga em 4 capítulos que alterava tudo o que se sabia sobre Krypton até então. Na verdade, a saga batizada de "Retorno a Krypton" trazia de volta a Krypton clássica pré-crise com elementos da Krypton vigente na época, criada por Byrne. Na história, Superman descobre que o planeta de onde veio não era frio e estéril como ele acreditava. Era um planeta cheio de vida, avançado tecnologicamente, e seus pais, Jor-El e Lara se amavam e eram casados. Ele descobre isso através de uma nova mensagem enviada por Jor-El onde ele alegava ter mentido sobre o planeta para que Kal-El não sentisse tanto a perda de seu mundo natal. O holograma mostra então o que aconteceu de verdade. Após descobrir que o planeta iria explodir, Jor-El tenta avisar o Conselho, que não acredita nele, em grande parte por culpa do General Zod, que alega que Jor-El ficou louco. Ele volta para seu laboratório e, com ajuda de sua esposa Lara, coloca o bebê Kal-El na nave e o envia para a Terra. Tudo relacionado a versão de John Byrne revelava ser falso, como a guerra dos clones, a câmara matricial e a sociedade fria que aboliu seus sentimentos. Através da Zona Fantasma, Superman e Lois Lane visitam o planeta antes da destruição, e uma série de referências a clássicas histórias pré-crise é mostrada. O General Zod, o Conselho Científico, Krypto, Nightwing e Flamebird (no pré-crise, eram as identidades que Superman e Jimmy Olsen adotavam na cidade de Kandor. Nessa história, Flamebird era encarnada por Lois Lane). Durante a visita, eles conhecem Jor-El e Lara e numa cena curiosa, Superman salva Krypton da destruição. Porém, se por um lado a DC se livrava das diretrizes que impediam o casamento de Lois e Clark, por exemplo, por outro adotava novas que impediam que alguns conceitos estabelecidos por Byrne fossem alterados. Assim, não ficava claro se a nova Krypton era real ou não, e a questão ficou no ar até uma segunda série ser produzida no ano seguinte, pela mesma equipe criativa, com exceção de Jeph Loeb que havia saído dos títulos do herói e substituído por Geoff Johns, onde toda a verdade do planeta era revelada. Em "Retorno a Krypton II", Superman descobre que o Krypton que ele visitou era uma criação de Brainiac 13 (uma nova versão de Brainiac vinda do futuro) com o intuito de atrair o Superman até lá e deixá-lo sem poderes, à mercê da destruição. Com isso, a versão de Krypton de Byrne permaneceria como a verdadeira e o novo Krypton da Zona Fantasma seria apenas uma homenagem as histórias clássicas do Homem de Aço. Mas tudo estaria para mudar rapidamente quando a DC aprovaria um projeto de Mark Waid para o personagem. E novamente, tudo o que sabíamos sobre ele seria reconsiderado.
